故事简介:
南海小岛上有个传说,火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时,就是世界毁灭的日子。

疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚,捕捉了亚西亚岛的火焰鸟,导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时小智一行人被困在风暴中并被冲上地处橘子群岛中心的亚西亚岛,并在当地的庆典活动中被庆典圣女芙芦拉推举扮演传说中的“控制者”。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏,并将它们带回到由呆呆王守护的亚西亚岛神庙中,而芙芦拉则会在那里奏响庆典音乐——事实上是洛奇亚之歌。小智带着皮卡丘一起出发,被小美船长带到火之岛后,小智与皮卡丘找到了火焰鸟的宝藏,但又遭到火箭队三人组的干扰。

不久,由于担心小智,小霞、小建和芙芦拉乘小美的多用船到达,闪电鸟紧随其后试图征服小岛。吉尔露太再次出现并诱捕了闪电鸟,并误捉了小智一行人。与此同时,大木博士、内木博士和小智的母亲花子乘直升机赶往亚西亚岛,但是他们最终于小岛上失控坠落。吉尔露太释放了小智一行并试图捕捉急冻鸟,却在执行时意外地唤醒了洛奇亚。同时,小智一行破坏了牢笼放出了火焰鸟和闪电鸟并使气垫船坠落。

之后,火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟不顾一切地互相攻击,发起了战斗,释放出自身所有的能量试图摧毁对方,眼看著世界末日的预言真的要实现。小智一行人设法脱险的过程中取得了闪电鸟的宝藏,并被一股洛奇亚带起的神秘的水流带回了亚西亚岛。洛奇亚试图只身中断争斗,但却为三只神鸟联合起来的实力所压制。洛奇亚通过心灵感应,指明三神鸟的战斗与恶劣天气都可以被“控制者”小智所终止。小智同意赶往冰之岛以取回最后的宝藏,但他的去路却被三神鸟阻断。危急关头,火箭队乘着由废品和报废的直升机螺旋桨改装成的冲锋舟赶到,与小智协力合作,希望能够通过拯救世界来继续他们的恶行。一行人冲上了急冻鸟的神庙并取回了宝藏,但在他们动身赶回之前三神鸟出现了。闪电鸟破坏了冲锋舟,小智目睹了急冻鸟被闪电鸟和火焰鸟重创。洛奇亚救起了小智和皮卡丘,而火箭队在意识到他们在拖后腿之后毅然跳入大海。吉尔露太试图捕捉洛奇亚,但洛奇亚使用了气旋攻击击毁了气垫船并在坠海前抛出了小智与皮卡丘。

落入海中的小智失去了知觉,目睹此景,小霞奋不顾身地跳进海中,救起了小智与皮卡丘。小智冒险前往神庙并将最后的宝藏与先前的宝藏放到一起,芙芦拉奏响了洛奇亚之歌,结束了飓风和三神鸟的争斗。洛奇亚从海中升起,并带起了引起气候巨变的洋流。稍后,三鸟回到了各自的岛屿,在对小智道谢后,洛奇亚沉入海底,继续以传说中的宝可梦存在于人们的心中。此时花子与两位博士赶到,花子目睹了儿子所做的一切很不满并告诫他要更加小心,小智一一遵从。火箭队一天后漂流到了岛屿上,他们被呆呆王告知人们看到了他们的义举。三人得意之余,也开始审视改变他们的所做所为。